按照BSL-2標準建造的實驗室，也稱為基礎生物實驗室。在建筑物中實驗室無需與一般區域隔離。實驗室人員需經一般生物專業訓練。其具體標準微生物操作、特殊操作、安全設備、實驗室設施要求如下。
1、標準操作
工作一般在桌面上進行,采用微生物的常規操作和特殊操作。
工作區內禁止吃、喝、抽煙、用手接觸隱形眼鏡和使用化妝品。食物貯藏在專門設計的工作區外的柜內或冰箱內。
使用移液管吸取液體，禁止用嘴吸取。
操作傳染性材料后要洗手，離開實驗室前脫掉手套并洗手。
制定對利器的安全操作對策。
所有操作均須小心，以減少實驗材料外溢、飛濺、產生氣溶膠。
每天完成實驗后對工作臺面進行消毒。實驗材料濺出時，要用有效的消毒劑消毒。
所有培養物和廢棄物在處理前都要用高壓蒸汽滅菌器消毒。消毒后的物品要放入牢固不漏的容器內，按照國家法規進行包裝，密閉傳出處理。
昆蟲和嚙齒類動物的控制應參照其它有關規定進行。
妥善保管菌、毒種，使用要經負責人批準并登記使用量。
2、特殊操作
操作傳染性材料的人員，由負責人。一般情況下受感染概率增加或受感染后后果嚴重的人不允許進入實驗室。例如免疫功能低下或缺陷的人受感染危險增加。
負責人要告知工作人員工作中的潛在危險和所需的防護措施（如免疫接種），否則不能進入實驗室工作。
操作病原微生物期間，在實驗室入口必須標記生物危險信號，其內容包括微生物種類、生物安全水平、是否需要免疫接種、研究者的姓名和、進入人員必須佩戴防護器具、遵守退出實驗室的程序。
實驗室人員需操作某些人畜共患病病原體時應接受相應的疫苗免疫或檢測試驗（如狂犬病疫苗和TB皮膚試驗）。
應收集和保存實驗室人員和其他受威脅人的基礎血清，進行試驗病原微生物抗體水平的測定，以后定期或不定期收取血清樣本進行監測。
實驗室負責人應制定具體的生物安全規則和標準操作程序,或制定實驗室特殊的安全手冊。
實驗室負責人對實驗人員和輔助人員要進行針對性的生物危害防護的專業訓練, 定期培訓。必須防止微生物暴露、學會評價暴露危害的方法。
必須高度重視污染利器包括針頭、注射器、玻璃片、吸管、毛細管和手術刀的安全對策。
培養物、組織或體液標本的收集、處理、加工、儲存、運輸過程，應放在防漏的容器內進行。
操作傳染性材料后，應對使用的儀器表面和工作臺面進行有效的消毒，特別發生傳染性材料外溢、濺出，或其它污染時更要嚴格消毒。污染的儀器在送出設施檢修、打包、運輸之前都要給予消毒。
發生傳染性材料濺出或其它事故要立即報告負責人，負責人要進行恰當的危害評價、監督、處理，并記錄存檔。
非本實驗所需動物不允許進入實驗室。
3、安全設備（初級防護屏障）
實驗室內工作必需穿防護工作服。離開實驗室到非工作區（如餐廳、圖書室和辦公室）之前要脫掉工作服。所有工作服或在實驗室處理或由洗衣房清洗，不準帶回家。
可能接觸傳染性材料和接觸污染表面時要戴乳膠手套。完成傳染性材料工作之后需經過消毒處理，方可脫掉手套。待處理的手套不能接觸清潔表面（微機鍵盤、等），不能丟棄至實驗室外面。脫掉手套后要洗手。如果手套破損，先消毒后脫掉。
能產生傳染物外溢、濺出和氣溶膠的操作，包括離心、研磨、攪拌、強力震蕩混合、超聲波破碎、打開裝有傳染性材料的容器、動物鼻腔注射、收取感染動物和孵化卵的組織等，都要使用Ⅱ級生物安全柜和物理防護設備。
離心高濃度和大容量的傳染性材料時，如果使用密閉轉頭、帶有安全帽的離心機可在開放的實驗室內進行，否則只能在生物安全柜內進行。
當操作（微生物）得不在安全柜外面進行時，采取嚴格的面部安全防護措施（鏡、口罩、面罩或其它設施）并防止氣溶膠發生。
4、實驗室設施（次級屏障）
設施門要加鎖，限制人員進入。
實驗設施地點離開公共區。
每個實驗室設一個洗手池。要求設置非手動或自動開關。
實驗室結構要便于清潔衛生，禁止使用地毯和墊子。
工作臺面不滲水，應耐酸、堿、耐熱和有機溶劑等。
實驗室家具應預先設計，便于擺放和使用，表面應便于消毒，并在其間留有空隙便于清潔。
生物安全柜的安裝，室內的送、排風要符合物理防護參數要求。遠離門口、風口和能開的窗戶，遠離室內人員經常走動的地方，遠離其它可能干擾的儀器，以保證生物安全柜的氣流參數和物理防護功能。
建立沖洗眼睛的緊急救護點。
照明適合于室內一切活動，避免反射和耀眼，以免干擾視線。
只要求一般舒適空調，沒有特殊通風要求。但是，新設施應該考慮機械通風系統能夠提供通向室內的單向氣流。如果有通向室外的窗戶，必須安裝紗窗。