按照BSL-3標準建造的實驗室，也稱為生物安全實驗室。實驗室需與建筑物中的一般區域隔離。其具體標準微生物操作、特殊操作、安全設備、實驗室設施要求如下。
1、標準操作
完成傳染性材料操作后，對手套進行消毒沖洗，離開實驗室之前，脫掉手套并洗手。設施內禁止吃、喝、抽煙，不準觸摸隱形眼鏡和使用化妝品。戴隱形眼鏡的人也要佩戴防護鏡或面罩。食物只能存放在工作區以外的地方。禁止用嘴吸取試驗液體，要使用的移液管。一切操作均要小心，以減少和避免產生氣溶膠。實驗室衛生至少每天清潔一次，工作后隨時消毒工作臺面，傳染性材料外溢、濺出污染時要立即消毒處理。所有培養物、儲存物和其它日常廢棄物在處理之前都要用高壓滅菌器進行有效地滅菌處理。需要在實驗室外面處理的材料，要裝入牢固不漏的容器內，加蓋密封后傳出實驗室。實驗室的廢棄物在送到處理地點之前應消毒、包裝，避免污染環境。對BSL-3內操作的菌、毒種必須由兩人保管，保存在安全可靠的設施內，使用前應辦理批準手續，說明使用劑量，并詳細登記，兩人同時到場方能取出。試驗要有詳細使用和銷毀記錄。昆蟲和嚙齒類動物控制應參照其它有關規定執行。
2、特殊操作
（1）制定安全細則
實驗室負責人要根據實際情況制定本實驗室特殊而全面的生物安全規則和具體的操作規程，以補充和細化本規范的操作要求，并報請生物安全委員會批準。工作人員必須了解細則，認真貫徹執行。
（2）生物危害標志
要在實驗室入口的門上標記通用生物危害標志。實驗室門口標記實驗微生物種類、實驗室負責人的名單和，指明進入本實驗室的特殊要求，諸如需要免疫接種、佩戴防護面具或其它個人防護器具等。實驗室使用期間，謝*關人員參觀。如參觀必須經過批準并在個體條件和防護達到要求時方能進入。
（3）生物危害警告
實驗過程中實驗室或物理防護設備里放有傳染性材料或感染動物時，實驗室的門必須保持緊閉，無關人員一律不得進入。門口要示以危害警告標志，如掛紅牌或文字說明實驗的狀態，禁止進入或靠近。
（4）進入實驗室的條件
實驗室負責人要、控制或禁止進入實驗室的實驗人員和輔助人員。未成年人不允許進入實驗室。受感染概率增加或感染后果嚴重的實驗室工作人員不允許進入實驗室。只有了解實驗室潛在的生物危害和特殊要求并能遵守有關規定合乎條件的人才能進入實驗室。與工作無關的動植物和其它物品不允許帶入實驗室。
（5）工作人員的培訓
對實驗室工作人員和輔助人員要進行與工作有關的定期和不定期的生物安全防護專業培訓。實驗人員需經專門生物專業訓練和生物安全訓練，并由有經驗的專家指導，或在生物安全委員會指導監督下工作。必須學會氣溶膠暴露危害的評價和預防方法。在BSL-3實驗室做傳染性工作之前，實驗室負責人要保證和證明，所有工作人員熟練掌握了微生物標準操作和特殊操作，熟練掌握本實驗室設備、設施的特殊操作運轉技術。包括操作致病因子和細胞培養的技能，或實驗室負責人特殊培訓的內容，或包括在安全微生物工作方面具有豐富經驗的專家和安全委員會指導下規定的內容。避免氣溶膠暴露：一切傳染性材料的操作不可直接暴露于空氣之中，不能在開放的臺面上和開放的容器內進行，都應在生物安全柜內或其它物理防護設備內進行。需要保護人體和樣品的操作可在室內排放式2A型生物安全柜內進行。只保護人體不保護樣品的操作可在Ⅰ級生物安全柜內進行。如果操作帶有放射性或化學性有害物時應在2B2型生物安全柜。禁止使用超凈工作臺。
（6）避免利器的感染
對可能污染的利器，包括針頭、注射器、刀片、玻璃片、吸管、毛細吸管和解剖刀等，必須經常地采取高度有效的防范措施，必須預防經皮膚的實驗室感染。在BSL-3實驗室工作，盡量不使用針頭、注射器和其它銳利的器件。只有在必要時，如實質器官的注射、靜脈切開、或從動物體內和瓶子（密封膠蓋）里吸取液體時才能使用,盡量用塑料制品代替玻璃制品。在注射和抽取傳染性材料時，使用一次性注射器（針頭與注射器一體的）。使用過的針頭在消毒之前避免不必要的操作，如不可折彎、折斷、破損，不要用手直接蓋上原來的針頭帽；要小心地把其放在固定方便且不會刺破的處理利器的容器里，然后進行高壓消毒滅菌。破損的玻璃不能用手直接操作，必須用機械的方法清除，如刷子、夾子和鑷子等。
（7）污染的清除和消毒
傳染性材料操作完成之后，實驗室設備和工作臺面應用有效的消毒劑進行常規消毒，特別是傳染材料溢出、濺出其它污染，更要及時消毒。濺出的傳染性材料的消毒由適合的專業人員處理和清除，或由其它經過訓練和有使用高濃度傳染物工作經驗的人處理。一切廢棄物處理之前都要高壓滅菌，一切潛在的實驗室污物（如，手套、工作服等）均需在處理或丟棄之前消毒。需要修理、維護的儀器，在包裝運輸之前要進行消毒。
（8）感染性樣品的儲藏運輸
一切感染性樣品如培養物、組織材料和體液樣品等在儲藏、搬動、運輸過程中都要放在不泄漏的容器內,容器外表面要*消毒，包裝要有明顯、牢固的標記。
（9）病原體痕跡的監測
采集所有實驗室工作人員和其他有關人員的本底血清樣品，進行病原體痕跡跟蹤檢測。依據被操作病原體和設施功能情況或實際中發生的事件，定期、不定期采集血清樣本，進行特異性檢測。
（10）醫療監督與保健
在BSL-3實驗室工作期間對工作者進行醫療監督和保健，對于實驗室操作的病原體，工作人員要接受相應的試驗或免疫接種（如狂犬病疫苗，TB皮膚試驗）。
（11）暴露事故的處理
當生物安全柜或實驗室出現持續正壓時，室內人員應立即停止操作并戴上防護面具，采取措施恢復負壓。如不能及時恢復和保持負壓，應停止實驗，及早按規程退出。發生此類事故或具有傳染性暴露潛在危險的其它事故和污染，當事者除了采取緊急措施外，應立即向實驗室負責人報告，聽候指示，同時報告國家獸醫實驗室生物安全管理委員會。負責人和當事人應對其事故進行緊急科學、合理的處理。事后，當事人和負責人應提供切合實際的醫學危害評價，進行醫療監督和預防治療。實驗室負責人對事件的過程要予以調查和公布，寫出書面報告呈報國家獸醫實驗室生物安全管理委員會同時抄報實驗室安全委員會并保留備份。
3、安全設備（初級防護屏障）
（1）防護服裝
實驗室內，工作人員要穿防護性實驗服，如長服裝、短套裝，或有護胸的工作服裝。消毒后清洗，如有明顯的污染應及時換掉，作為污棄物處理。在實驗室外面不能穿工作服。
（2）防護手套
在操作傳染性材料、感染動物和污染的儀器時必須戴手套，戴雙層為好，必要時再戴上不易損壞的防護手套。更換手套前，戴在手上消毒沖洗，一次性手套不得重復使用。
（3）生物安全柜
感染性材料的操作，如感染動物的解剖，組織培養、雞胚接種、動物體液的收取等，都應在Ⅱ級以上生物安全柜內進行。離心、粉碎、攪拌等不能在Ⅱ級生物安全柜內進行的工作可在較大或特制的Ⅰ級生物安全柜內進行。
（4）其它物理防護
當操作不能在生物安全柜內進行時，個人防護（Ⅲ級以上類似防護設備的具體要求）和其它物理防護設備（離心機安全帽，或密封離心機轉頭）并用。
（5）面部保護
污染區、半污染區應備有防護面具以便緊急使用，當房間內有感染動物時要戴面具保護。建立緊急防護工作點。
（6）緊急防護用品
污染區或半污染區備用防護面具、沖洗眼睛的器具和藥品等，隨時可用。
4、實驗室設施（次級防護屏障）
BSL-3生物安全實驗室里所有病原微生物的操作均在Ⅱ級以上（含Ⅱ級）生物安全柜內進行，其次級屏障標準如下：
（1）建筑結構和平面布局
建筑物抗震能力七級以上，防鼠、防蟲、防盜。實驗室內凈高應在2.6米以上，管道層凈高宜不低于2.0米。建筑物內實驗室應與活動不受限制的公共區域隔開，設置安全門并安裝門鎖，禁止無關人員進入。進入設施的通道設帶閉門器的雙扇門,其后是更衣室，分成一更室（清潔區）和二更室（半污染區），二更室后面為后室或稱緩沖室（半污染區），進出緩沖室的門應為自動互鎖。如果是多個實驗室共用一個公用的走廊（或緩沖室），則進入每個實驗室宜經過一個連鎖的氣閘（鎖）門。實驗室應有安全通道和緊急出口，并有明顯標識。半污染區與清潔區之間必須設置傳遞窗。洗刷室、機房等附屬區域應是清潔區，但應盡量縮短與實驗室的距離，方便工作。實驗室內可設密閉觀察窗。
（2）密閉性和內表面
一切設施、設備外表無毛刺、無銳利棱角，盡量減少水平表面面積，便于清潔和消毒。各種管道通過的孔洞必須密封。墻和頂棚的表面要光滑，不刺眼、不積塵、不受化學物和常用消毒劑的腐蝕，無滲水、不凝集蒸氣。地表面應該是一體、防滑、耐磨、耐腐、不反光、不積塵、不漏水，如能按污染區劃分給予顏色區別更好。工作臺面不能滲水，耐中等熱、有機溶劑、酸、堿和常用消毒劑的損害和腐蝕。實驗室必要的桌椅櫥柜等用具事先設計，便于穩妥安放和使用，彼此留有一定空間便于清潔衛生，表面消毒方便、耐腐。
（3）消毒滅菌設施
必須安裝雙扉式高壓蒸汽滅菌器，安裝在半污染區與洗刷室之間。滅菌器的兩個門應互為連鎖，滅菌器應滿足生物安全二次滅菌要求。污染區、半污染區的房間或傳遞窗內可安裝紫外燈。室內應配制人工或自動消毒器具（如消毒噴霧器、臭氧消毒器）并備有足夠的消毒劑。一切實驗室內的廢棄物都要分類集中裝在可靠的容器內，都要在設施內進行消毒處理（高壓、化學、焚化、其它處理），儀器的消毒選擇適當的方法，如傳遞式臭氧消毒柜、環氧乙烷消毒袋等，如果廢棄物需要傳至實驗室外，應該消毒后并裝入密封容器、包裝。
（4）凈化空調
實驗室污染區和半污染區采用負壓單向流全新風凈化空調系統。污染區和半污染區不允許安裝暖氣、分體空調，不可用電風扇。溫度230C±20C、相對濕度40%—70%。室內噪聲不超過60分貝。氣流方向始終保證由清潔區流向污染區，由低污染區流向高污染區。空調系統應安裝壓力無關裝置，以保證系統壓力平衡，排風應采用一用一備自動切換系統。發生緊急情況時，應關閉送風系統，維持排風，保證實驗室內安全負壓。供氣需經HEPA過濾。排出的氣體必須經過至少兩級HEPA過濾排放，不允許在任何區域循環使用。
室內潔凈度高于萬級。實驗室送風口應在一側的棚頂，出風口應在對面墻體的下部，盡量減少室內氣流死角。保持單向氣流，矢流方式較為合適。實驗室門口安裝可視裝置，能夠確切表明進入實驗室的氣流方向。Ⅱ級生物安全柜每年檢測一次。2A型的排氣可進入室內，2B2型安全柜和Ⅲ級安全柜的排風要通過實驗室總排風系統排出。如果Ⅲ級安全柜是帶有二次HEPA過濾、移動式，氣流亦可在室內排氣，但排氣口應靠近室內排風口。如有其它設備如液體消毒傳遞窗、藥物熏蒸消毒器等的抽氣系統，必須經過HEPA過濾，并根據需要更換。
水的凈化處理每個房間出口附近設置一個非手動開關的洗手池。污染區、半污染區和有可能被污染的供水管道應采取防止回流措施。如有下水，水池或地漏要設置消毒設施。下水下方必須設有水封，并始終充+盈消毒劑，水封的排氣應加HEPA過濾裝置。可能污染的下水只能排放到消毒裝置內，消毒后再排至公共下水道。如沒有下水排放，或不外排的所有廢水均須收集并高壓處理。潔凈區域的下水可直接排入公共下水道。
（5）污染物和廢棄物處理
對可能污染的物品和其它廢棄物要放在的防止污染擴散或可消毒的容器里，以便消毒或高壓滅菌處理。
（6）實驗室監控系統
應對實驗室各種狀態及設施全面設置監控報警點，構成完善的實驗室安全報警系統。備用電源非雙路供電情況下，應配有備用電源，在停電時，至少能夠保證空調系統、警鈴、燈光、進出控制和生物安全設備的工作。
（7）照明
照明應適合室內的一切活動，不反射、不刺眼，不影響視線。照明燈把燈具的部件裝在頂棚里，或采取減少積塵措施。
（8）通訊
實驗室內外應有適合的通訊設施（、傳真、計算機等），進行無紙化操作。驗收和年檢BSL-3設施和運行必須是指令性的。實驗室的驗收或年檢應參考ISO10648標準檢測方法進行密封性測試，其檢測壓力不低于250Pa，半小時的小時泄漏率不超過10%，以保證維護結構的可靠性。新建設施的功能必須檢測驗收，確認設計和運作參數合乎要求方能使用。運行后每年再進行一次檢測確認。