從凈化工程角度出發，制藥車間和工業無塵車間的建設凈化工程有著太多的相似性：兩者都是高科技高附加值的重點行業，都以無塵室為生產核心區域，都需要高精度的暖通、純水、特氣等系統作為生產支持，都設計要求較高投資較大等，這些相同之處使得凈化工程公司積極拓展業務，但兩者還有一定的差異，尤其是一些對產品質量有重大影響的差異。
1、風險和風險控制的差異
風險和風險控制的差異是兩者差異的根源：制藥車間產品(也就是藥品)出現殘次品將直接影響到人的健康，影響巨大。因此，兩者對風險的理解和風險的控制有著較大的差異，這也導致了后面諸如水、電、暖、控、文件、驗證等系統的差異。
2、暖通(空調)系統的差異
無塵室首先是從電子行業提出并發展壯大的，電子行業為了有效地控制微量雜質，以保證微電子，面板晶體元電子電路這些高科技產品的成品率和可靠性，是早應用無塵室的一批行業，之后無塵室在電子、核工業、航空航天、制藥、精密機械、化工、食品、化妝品等行業得到廣濟應用。制藥車間為了對細菌和塵埃粒子進行控制，也是以無塵室為生產的核心區域。制藥車間和工業無塵車間在暖通系統上有很多相同點，都需要設計一定面積的無塵室，都需要在人流物流動線中設置更衣區域或緩沖區域，都需要在溫度、濕度、壓力、壓差、塵埃粒子等方面進行檢測和控制等等。但兩者在暖通系統上也有一些不同，這些不同點主要有：工業無塵車間的潔凈等級要求要高于制藥車間，要求高的工業無塵車間有十級和一級，一般制藥車間以萬級、十萬級居多，要求高的制藥車間有千級和局部百級，(局部百級是指房間是千級或萬級，但房間內的某設備內部空間是百級，而非房間百級)，制藥車間沒有十級和一級的無塵室。由于靜電對電子產品有比較大的影響，因此工業無塵車間的濕度控制要求比較嚴格，而制藥車間對濕度要求比較寬泛，尤其是原料藥或者封裝成品藥對房間濕度控制往往是“名存實亡”，有加濕設備但日常不需要運作，設計中需要弱化以節約成本。和工業無塵車間相比，制藥車間的空調系統需要有消毒滅菌的設備，一般通過在AHU(組合式空調箱)中增加臭氧發生器、甲醛熏蒸設備、氣態過氧化氫(VHP)發生器中的一種或多種來實現(GMP要求需要兩種或兩種以上的滅菌方式以排除細菌的抗藥性影響)。防靜電要求和滅菌要求的差異影響到庫板的選型，工業無塵車間的庫板需要選擇防靜電的庫板，制藥車間沒有此方面的要求，另外制藥車間的排氣系統也是設計中的重點，從生物安全性考慮，一些關鍵房間的排氣要增加過濾網，防止細菌或病毒被排放到大氣中。工業無塵車間因為可能使用砷、鎵、氟等有毒有害氣體，其排氣往往需要經過洗滌塔處理，而且工業無塵車間排氣量要比制藥車間大的多，新風補充量也要大得多。
3、廠房結構的差異
工業無塵車間是人員密集型產業，加上產量大，產品價值密度相對比較低(產品價值密度是指單位體積的產品價值，醫藥產品一般是按克或者毫克計量，產品價值密度要比工業無塵車間大幾個數量級)，往往工業無塵車間都設計的比較大，經常能見到幾萬甚至幾十萬平方米的無塵室，而制藥車間一般為幾千平方米的無塵室，上萬平方米無塵室的制藥車間鳳毛麟角。結構方面，很多工業無塵車間采用“三明治”結構，三明治結構是指上層為送風層，中層是生產廠房，下層是回風夾道，這種結構適合大空間廠房，制藥車間一般采用常規無塵室設計，使用送風管路和回風管路，沒有“三明治”結構中的送回風層。“三明治”結構的中層地面多使用高架地板的設計，可以更好的控制氣流方向，另外上下夾層設置DDC (干盤管)，多使用FFU+MAU(風機過濾機單元+新風機組)等都是工業無塵車間的特色，制藥車間一般只是常規的AHU設計即可。和高大的工業無塵車間房不同，制藥車間更側重控菌和無菌的設計，往往房間比較小以方便控制氣流流向，更衣程序復雜，進出采用更衣室的設計，而非風淋室設計，另外制藥車間一般不采用閉門器，在庫板連接處采用R角的結構，采用“中字吊梁”而非工業無塵車間采用的“酒杯梁”的等，這些差異都源于制藥車間的無塵室的控菌、滅菌的要求。
4、水系統的差異
工業無塵車間用到的水一般叫做RO水和超純水，類似水質在制藥車間叫做純水和注射水。工業無塵車間的RO水和制藥車間的純水都是用反滲透原理制備，設備相似，水質相似，都屬于過渡水，制藥車間因為需要熱消毒，在RO膜之后要使用不銹鋼材質，要求嚴格的制藥車間一般從原水就開始使用不銹鋼材質。單從水質上來講，工業無塵車間的超純水要強于制藥車間的注射用水，工業無塵車間的超純水一般為18M超純水(18M= 0.05m/c m)，制藥車間法規要求的注射水是<0.20m/cm即可。
工業無塵車間的超純水采用混床方法制備，采用1供2回同程回路供水，不需要考慮死角和消毒滅菌；制藥車間的注射用水采用蒸餾法制備，采用一供一回的大回路循環，用水點有防死角的設計和設備選型，往往和純蒸汽發生器配合使用，需要有純蒸汽滅菌。在消防水系統方面，工業無塵車間的噴淋頭在無塵室里面和送回風夾層里面，在制藥車間的消防方面有一個矛盾的地方，從消防法規要求，噴淋頭、排煙口需要設置在無塵室內部，但從GMP的要求，有潔凈等級的無塵室內不可以設置噴淋頭、排煙口，因為噴淋頭有死角，國內常規的做法是無塵室內不設置消防噴淋和排煙(但需要設置消火栓)，在上夾層中設置消防噴淋和排煙。由于工業無塵車間規模大，需要有很多節能方面的設計，如設置7℃-12℃和14℃-20℃兩組冷卻水回路，制藥車間規模比較小一般只采用一組即可；工業無塵車間的純水機組一般設置板式換熱器提高水溫以提高純水制水率，制藥車間純水機組雖然也有換熱器，但目的是熱消，而非提高純水制水率。
5、文件系統的差異
工業無塵車間的文件和大多數工廠相似，只需要達到業主需求即可，一般只需要現場驗收資料，相比制藥車間項目，因為對藥品安全質量的嚴格要求，制藥車間需要有完整的文件驗證體系，主要包括URS(用戶需求描述)、VMP(驗證計劃)、RA(風險分析)、FDS(功能規范描述)、DQ(設計確認)、IQ(安裝確認)、OQ(操作確認)、PQ(運行確認)等文件，當然也包括FAT(工廠驗收)、SAT(現場驗收)這些通用驗收文件，以上文件一般稱為GMP驗證文件或者說4Q驗證文件，在凈化工程建設中，制藥車間GMP驗證文件的編寫要耗費相當的人力、物力、財力。工業無塵車間一般不需要單獨設置資料室，但制藥車間需要設置專門的文件檔案室以存放資料文件，而且要配備非水消防系統。
6、造價的差異
工業無塵車間面積大，潔凈等級高，凈化工程方面造價(非專業設備造價)往往達到幾億元甚至十幾億元，相比，制藥車間由于面積小，潔凈等級低，一般幾千萬元的造價就算比較大的項目，從單位面積造價來看，工業無塵車間一般要比制藥車間高很多。
7、結論
制藥車間和工業無塵車間雖然在建設凈化工程方面有很多共性，但兩者還存在一些差異：
（1）風險和風險控制的差異。
（2）暖通(空調)系統中的：潔凈等級的差異、靜電要求差異、滅菌設計差異、庫板質量要求差異、排氣系統差異等。
（3）廠房結構方面的：規模和密度的差異、結構差異、DDC/ FF U/ M AU/A H U設備使用的差異、更衣設計差異、閉門器差異、R角設計差異、吊梁設計差異等。
（4）水系統中的：純水超純水系統差異、消防設計差異、節能設計差異等。
（5）文件系統的差異和資料室設計的差異等。
（6）造價的差異等。