在生物潔凈室和相關環境中，應建立并實施用以維持生物污染控制的“控制體系”，利用該體系來評價和控制那些對工藝及生產的微生物水平有影響的因素。根據ISO 14698-1“潔凈室與相關受控環境—生物污染控制”的推薦，“危害分析關鍵控制點”系統是一種在上廣泛被認可的、便于使用的危害分析方法。當然其它經過驗證的有效方法，如“故障模式和結果分析”體系也是常用的一種。這些體系的原則可用于各種危害與故障分析，而針對生物污染控制所需建立的“控制體系”，就是依據這些通用體系的基本原理與原則，并具體針對微生物危害而確立的控制體系。
1、微生物危害評價與控制體系的內容
參照通用的危害與故障分析體系的模式，生物污染控制體系一般應包括以下內容：
（1）清楚可能對工藝或產品造成的危害，評價這些危害發生的可能性，提出防范和控制危害的方法。
（2）指明風險區，確定每個區內的受控點，或工藝、操作程序和環境條件；清除可能發生的危害或將其將至低。
（3）規定限制，確保達到控制的目標。
（4）監測與觀察的時間表。
（5）確定糾正措施。即當監測結果表明某個特定的點，或工藝、操作步驟，或環境條件超出控制限制時，應該采取何種糾正措施。
（6）制定管理程序，其中包括補充測試等程序，以判定所選定的控制體系是否在有效的工作。
（7）編制培訓計劃。人員的定期培訓，是保證控制體系正常運作與不斷提高效率和控制水平的重要方面。
（8）規定必要文件的存檔制度。
ISO 14698所推薦的“生物污染控制體系”，從其內容來看，從微生物可能對工藝或產品造成的危害入手，提出了一整套防止污染的計劃與措施。醫藥工業的GMP或是其它行業的生物污染控制章程會規范的基本內容與ISO 14698的“生物污染控制體系”應是統一或類同的。
2、微生物污染監測
用戶有責任及時通過監測以發現生物污染控制失常的情況。所制定的監測方案必須適合現場應用，適合于特定的設施和規定的條件，并把它列為生產、科研工作質量管理體系的一個組成部分。
值得注意的是，在制定監測計劃時都必須考慮到采樣工作，其操作應盡可能減少對產品和危險區的污染。
一般來說，在安裝和調試新設備時所進行的微生物采樣的目的主要是提供可用于將來運行中作對比的原始資料，以及了解所建立的系統和設施的基本性能。對于生物污染控制更看重的是在工作狀態下，即在動態條件下的例行監測。因為在采取消毒措施后，空態和靜態條件下生物污染物存在的幾率相對較低，測試結果說明不了太多問題。例如在例行消毒后，對手術室進行菌落檢測，因為室內幾乎不存在微生物污染散發源，往往測量值都是零，無從比較不同級別潔凈手術室的設備性能。手術進行過程中則*不同，醫護人員因呼吸、動作、行走和進出，散發和帶入大量的微生物粒子，因此對于手術室這類房間生物污染控制的效果如何，動態檢測結果更說明問題。正因為如此，國外制藥行業的GMP或是醫院的生物潔凈手術室等的國外規范，一般都是以動態的微生物檢測值作為評定所達到控制水平的重要依據。