1、監控規程：超凈工作臺在管理上應制定相應的監控規程。其主要內容是：
①定期監測超凈工作臺、無菌隔離系統的內表面的微生物學質量及其內部的空氣質量（粒子和微生物）要求所用的過濾器應能確保使大于等于0.3um的粒子的截留率達到99.97%以上。層流空氣 的流速應足以將工作區的粒子帶出去。一般說來，在距離過濾器下游15—30cm處的平面上（工作區），理想的層流速度應控制在0.36—0.54m/s之間；
②過濾器的完好性和層流速率應經過確認，在安裝完備后須在使用現場進行完好性（泄漏）檢查和過濾效率（性能）測試 。以后還須定期進行此類測試（通常每半年至少檢查1次）；
③日常管理一旦發現設備運行不穩，或環境監控結果異常，或微生物檢驗結果偏差呈上升趨勢，均須立即進行完好性檢查和性能測試。此類檢查非常重要，這樣可以有效避免給無菌操作帶來的潛在污染風險。無菌作業時，應同時監控操作區空氣以及操作臺表面的微生物學質量，在實驗時，應同時做陰陽性對照試驗。
2、使用指南：層流凈化工作臺使用指南的主要內容有：應在人員走動相對較少，并且是在離門較遠的位置安置層流凈化工作臺，目的是使設備周圍環境的氣流相對穩定，不影響操作區，更不得對操作區層流產生干擾。
設備開啟后，操作人員應首先檢查壓差指示表的讀數是否正常，與常規壓差相比，壓差偏小或偏大均表明設備運行異常，需立即調查并采取必要的糾偏措施。如果操作區內安裝有紫外燈，操作前必須關閉紫外燈直至完成所有的無菌作業。防止紫外線對操作人員的損害及對樣品中可能存在的微生物的損傷。操作人員戴無菌乳膠手套和無菌袖套后方可在層流區操作。開啟工作臺后，應采用無菌消毒劑（70%無菌乙醇）對其表面消毒，至少等待5min后，方可開始操作。無菌操作前，置于工作臺內的所有物品均應經過充分消毒并直至風干。工作區內的所有物品均應排放整齊，以免干擾氣流方向。
普通層流凈化工作臺內的氣流zui終直接對著操作者而排向周圍環境。因此，此類凈化工作臺不得用于處理感染性物品、有毒物品或敏感物品等。它們只適用一般性的無菌操作活動，如無菌物品的裝配、常規物品的微生物檢查、培養基的制備等。盡管從表面上看，垂直層流凈化工作臺的工作區氣流未經任何人員及周圍環境，勢必給操作人員及周圍環境造成潛在性污染；操作要避免對周圍環境和操作人員產生污染。使用層流工作臺時，務必要確保過濾器未被堵塞，從而保證潔凈空氣吹向并覆蓋整個工作區。為防止擾亂層流，操作人員應盡可能避免將手和手臂在層流區移進或移出，即便移動，也應小心謹慎，所有活動盡可能地在無菌物品暴露區的下游（順著層流方向）進行。
在潔凈區內，如條件許可，盡量使層流凈化工作臺始終處于運行狀態。但是，一旦停止運行而重新啟動后，要對工作區進行*性消毒并且在使用前至少要預運行5min。此外，在每次使用前和使用后，均應對工作臺面采取清潔和消毒措施。 要對室內各類層流工作臺的運行、清潔和消毒、校驗和維修等制定詳細的標準操作規程。為每臺層流工作臺、HTY無菌隔離系統配備使用和維修記錄。使用記錄的內容包括：使用日期及時間、儀器使用前后的狀態、清潔或消毒狀態及使用人的簽名等；維修記錄內容包括：故障說明、維修情況及維修人員和設備責任人的簽名等。定期對設備的清潔或消毒記錄和環境監控記錄進行回顧性審查，以評估層流臺內工作區的維護狀況。