1、根據生產工藝要求必須控制潔凈室（區）內的微生物污染時，應進行潔凈室（區）內空氣中微生物污染的檢測。微生物污染的檢測可在三種占用狀態中的任一種狀態進行。宜采用浮游菌的測試方法和沉降菌的測試方法。
2、浮游菌的測試方法是通過采樣器采集在空氣中的活微生物粒子，通過專門的培養基，在適宜的生長條件下繁殖到可見的菌落數。浮游菌的測試方法應符合現行國家標準《醫藥工業潔凈室（區）浮游菌的測試方法》GB/T16293的要求。
3、沉降菌的測試方法是通過培養皿收集到的活微生物粒子，通過的培養基，在適宜的生長條件下繁殖到可見的菌落數。沉降菌的測試方法應符合現行國家標準《醫藥工業潔凈室（區）沉降菌的測試方法》GB/T16294的要求。
4、根據生產工藝要求必須控制潔凈室（區）內的微生物活粒子時，還可進行表面微生物污染測量。