1、根據潔凈室的種類、空氣處理方式及焓濕圖上的相關參數選擇各功能段，并對各功能段進行科學的排序。對于生物潔凈室，宜采用風機在表冷器前的排列順序，將表冷器處于正壓段，可消除表冷器積水盤內冷凝水不易排出的弊病及因積水而孳生細菌的隱患。對于這種組合的缺點可采用前面提出的措施來彌補。排序時應把中效過濾器放在正壓段，粗效過濾器一般放在負壓段。
當新風處理不當時，如只在新風入口裝設粗效過濾器，那么，經粗效過濾的新風與回風混合后再經過粗效過濾段過濾，這種組合順序很顯然不科學。因為經粗效過濾的新風含塵濃度高，而回風含塵濃度略高于潔凈室動態級別下的平均濃度，很干凈。把二者混合再經過粗效過濾后含塵濃度仍然很高，對熱交換器起不到很好的保護作用，而且帶入系統的微粒也增多。如果把粗效過濾段換成中效過濾段，效果較好。若把新風混合段放在此中效過濾段的后面，效果更好。也就是新風經入口的粗效過濾器過濾，再經機組內的中效過濾器過濾，然后再與回風混合。所以，把新風經粗效、中效兩級過濾或粗效、中效、亞高效三級過濾后再引入組合式凈化空調機組是很科學的理念。初投資增加不多，而長期運行的成本降低不少。但這樣做，由于新風通道上阻力增加，與回風通道上的阻力不易平衡。所以，吸入的新風量不易保證，只能在新風通道上增加風機。這樣，系統變得復雜。若新風經兩級或三級過濾后再與回風混合，粗效過濾段就可去掉。
若采用臭氧滅菌段，應放在加濕段的前面，以延長臭氧發生器的壽命。
2、根據機房的設備平面布置圖及送、回風管的洞口位置，確定機組的接管方向。機組接管方向的判斷，面對表冷器（或加熱器）的進風氣流，其進、出水管位于左側的稱為左接管，位于右側的稱為右接管。接管應置于機組的操作面。
3、風機段的選擇。該段中風機的參數及質量至關重要，風量與風壓裕量不宜太大。隨著施工技術的提高，風管的氣密性有了很大的提高，故風管系統的漏風系數取下限即可。在選擇風機時，風量與壓頭很難同時滿足。在認真進行系統的阻力計算并考慮裕量后，應優先滿足壓頭要求，同時兼顧風量要求，這時有可能風量稍小點，也無關緊要。因為計算風量時已考慮了一定的富裕量，且凈化空調系統過濾器的終阻力通常是按初阻力的兩倍來考慮的，系統運行的實際阻力大多數時間小于計算阻力，所以風機性能曲線與系統的阻力曲線的交點會向右移，這樣實際風量會增大。如果風機壓頭選取太高，會導致噪聲增大，風量增大，造成浪費。在滿足要求的前提下，盡可能選擇轉速小于等于1450r/min的風機，配置彈簧式減振器，這樣可大大降低機組噪聲。
4、表冷器的選型。根據焓濕圖上空氣處理過程曲線上的相關參數和冷水進口水溫等參數進行選型。在工程設計中，有的設計人員圖省事直接套用機組樣本上的冷量參數來選型，盡管考慮了安全裕量，但這樣做多數不能滿足空氣處理的要求。試想，表冷器排數較少，若增加表冷器的斷面面積，其處理冷量會增加。但當濕負荷較大時，能滿足處理要求嗎？顯然不行。所以，當濕負荷較大時，增加表冷器的排數才可滿足其處理要求。有些生產廠家的機組樣本，給出了機組處理的全熱量、潛熱量參數，可由這兩個參數在焓濕圖上畫出所選機組表冷器處理空氣的曲線，若該曲線的斜率不大于所要求的空氣處理過程曲線斜率，則所選機組符合要求。如果機組樣本所給參數不全，或冷水溫度與機組參數中要求的冷水溫度不同時，需進行表冷器選擇計算。
風機位于表冷器前和后的利弊有哪些？
1、風機位于表冷器前的利弊：
該種排列順序的優點是表冷器處于正壓段，冷凝水容易排出，對于生物潔凈室來說是重大的利好，凝水盤內不容易滋生細菌。但缺點是如果風機出口處未設置阻尼孔板，且未設置均流段或中間段時，風機出口的氣流對表冷器的沖刷不均勻，影響熱交換的效果。若不采取措施很難引入二次回風。可見，該種排列方式應在風機出口加裝阻尼孔板、設置均流段（或中間段）來改變這種沖刷不勻的缺陷。這時，可在中間段內加裝臭氧發生器，使中間段變為滅菌段，一舉兩得。
以一次回風加再熱系統為例，當風機置于表冷器前時，表冷器處理的焓差大，再熱量也大，因此能耗也大。若采用該排列順序，須采取節能措施，如風機的電動機置于機組之外，減小風機溫升。但這種方案在實際工程中較難采用。若想引入二次回風，可在表冷器側加裝旁通調節閥或旁通管來實現。
2、風機位于表冷器后的利弊：
該種排列順序的優點是氣流能均勻沖刷表冷器，熱交換效率較高，很容易引入二次回風。風機的發熱量可被用作再熱的一部分，表冷器處理的焓差較小，比較節能。但缺點是表冷器處于負壓段，凝結水不易排出，容易孳生細菌，對于生物潔凈室來說是非常嚴重的隱患。