潔凈室的能量消耗分布在冷熱源、空氣處理、空氣輸送等各個環節中，節能也應針對不同的環節采取措施。
1、冷熱源環節節能措施
常規凈化空調冷熱源采用制冷機組加鍋爐配置。熱天潔凈室內轉移的熱量通過冷卻塔向大氣排放，受天氣影響大，能效在2.8～3.5；冷天靠鍋爐燃煤、油或耗電提供所需熱量，能效在0.3～0.9。
節能型冷熱源采用地源熱泵加輔助設施配置，一般不受天氣影響，夏天能效比在4以上，冬天能效比在2.5以上。需要注意的是地埋管的間距不宜過小，應考慮當地土壤傳熱能力，合理確定小間距。因為土壤的傳熱主要靠導熱，間距過小會造成土壤冷熱量擴散不足，設計容量無法達到，嚴重時還會造成機組停機。
2、空氣處理環節節能措施
空氣處理分為新風處理和循環風處理。對于高濕高熱的工藝過程或對濕度精度要求高的情況，需要在冷凝去濕后加熱，造成冷熱相沖，能量損耗。解決的辦法一般是采用二次回風空氣處理。下圖是手術室二次回風凈化空調系統：

夏季新風處理中為了保證濕度需要大量去濕，以往做法是先在表冷器將空氣過冷，讓空氣中水分凝出，再用電或蒸汽加熱，以保證送風溫度。這樣做必然帶來冷熱相沖的能量損失。下圖是國內某凈化設備企業開發的新型新風處理機，集制冷機和空氣處理機于一體，利用壓縮機出來的高溫制冷劑對蒸發冷凝后的新風進行再熱，既避免了冷熱相沖，又減少了冷凝器對大氣的熱量排放。其所需的PLC控制器，根據熱濕負荷調控高溫制冷劑在冷凝器和再熱冷凝器之間的分配，保證機組的正常穩定運行。

3、空氣輸送環節節能措施
處理后的空氣通過風管送往凈化空間，現在已大量采用變頻風機，根據潔凈度和正壓變化，與排風閥聯動調節風量。合理的風管系統和分區布置潔凈室可以大大減少空氣輸送的能量損失。
4、減少凈化空調系統送風量和降低系統阻力的節能措施
1）按生產工藝要求的不同，空氣潔凈度等級和不同的工作時間、班次合理劃分凈化空調系統。對于不連續使用或科研用潔凈室，由于工作時間不同劃分為不同的凈化空調系統，既方便使用又能減少能耗；對于不同空氣潔凈度等級的各個潔凈房間可以視潔凈室的布置情況和生產工藝要求，由一個或多個凈化空調系統供給凈化空氣。但在制訂方案時應認真考慮減少管線長度，降低風管阻力所需采取的技術措施，做到既降低用電量又不增加較多的建造費用。
2）采取必要技術措施，減少生產設備的排熱量，降低排風量。如將可能采用水冷方式的生產設備盡可能的選用水冷設備；加強生產設備的隔熱、保溫措施等。
3）與產品生產工藝技術提供者密切配合，盡可能減少潔凈室排入大氣的排風量。這類技術措施有：
①改進設備構造及性能或選用先進的生產設備，少排或不排入大氣。
②合理組織排風系統，盡量將同類、相同使用時間的排風裝置劃分為一個排風系統，避免因各排風裝置無須使用時仍與排風系統接通，增加了排風系統排風量。
③設置排風量的控制方式，若可能時將排風量的控制裝置與相應的凈化空調系統的送風裝置聯動控制，可以較好的根據排風量大小控制送風量等。
4）合理組織凈化空調系統中各種空氣過濾器的設置，對較大型的潔凈廠房的凈化空調系統的新風集中進行空氣凈化處理。
5）凈化空調系統設計應合理利用回風。在產品生產過程中不產生有害物或不發生交叉污染時，凈化空調系統在保證新鮮空氣量和保持潔凈室規定的壓差值的條件下， 為了減少能耗應盡量利用回風。對于換氣次數大的單向流潔凈室，當空調機房距單向流潔凈室較遠時，可以采用一部分空氣不回機房而直接循環使用，可使能耗降低。部分空氣潔凈度要求嚴格的單向流潔凈室已采用新風集中處理后與回風混合進入空氣循環系統。這種空氣循環系統有軸流風機豎井式、風機過濾單元等。風機過濾單元送風方式的凈化空調系統由多臺風機過濾單元設備組成，實現潔凈室回風的直接循環。根據有關工程項目的實踐，這類空氣循環系統在某些條件下比常規集中凈化空調系統節約能量。
當產品生產過程中產生大量有害物質，局部排風又不能滿足衛生要求，或對其它工序有影響或交叉污染時，才能采用直流式凈化空調系統。在生物制藥潔凈室設計中，按照GMP的規定，為避免各類產品的性能特點或各工序間的不同生產特點引發的交叉污染，常有一些潔凈房間采用直流式排風裝置。為防止一些有害物對周圍環境的影響，還應在排風系統通到大氣的出風口裝設排風過濾處理裝置。
6）合理進行凈化空調系統的風管設計。布置風管時應盡量縮短風管長度，減少不必要彎管、附件的設置，簡化風管形狀，努力降低風管系統的阻力，以減少能耗。
7）采用變流量控制風量、水量。根據潔凈室內實際運行情況的不斷變化，應采用不同的送風量和相應的冷（熱）水流量。如前所述，潔凈室的送風量是由所要求的空氣潔凈度等級所確定的，但在實際運行中房間的潔凈度等級經常受到發塵量、壓差等因素的影響，因此送風量不可避免的可能發生變化。為了降低運行費用、減少能耗，在凈化空調系統設計時應采用技術措施，配置變風量、變水量裝置，主要的技術措施如下：
①根據檢測得到的潔凈室內的塵粒數量或房間壓力值控制調節送風量。
②根據生產過程的特點，采取技術措施，減少或關閉不工作的生產工序或房間，從而減少整個系統的送風量。選用檢測、控制房間或設備的排風的裝置，按需要控制排風量或開停排風機或排風閥。避免房間或設備不生產時仍開啟排風機或排風閥而消耗電能，增加不必要的送風量。
③風機、水泵合理的采用變頻機組，根據送風量、供水量的多少，改變風機、水泵的轉速，降低電能消耗。
④凈化空調系統的空調機組采用冷水量、熱水量或蒸汽量的變流量控制。
5、排風能量的回收利用
潔凈室的排風由于其熱濕狀態與室內要求一致，相對于新風狀態有可以利用的能量。利用排風與新風進行熱濕交換的各種設備已大量使用，例如轉輪式全熱交換機、轉輪式顯熱交換機、全熱交換器、顯熱交換器等。
（1）轉輪式全熱交換機。轉輪式全熱交換機的核心部件是一個蜂窩式轉輪，轉輪由蜂窩狀金屬或陶瓷纖維載體、鋁箔和活性硅膠等吸濕涂層復合而成，轉輪兩側由特制的密封裝置分成兩個區域：新風區域及排風區域，分別接入新風進風管路和排風管路。轉輪作為蓄熱芯體，一半在新風區，一半在排風區。轉輪轉動，使其各個部分不斷通過新風區和排風區。
在夏季，蓄熱芯體轉到新風側時吸收新風中的熱（濕）量，當轉到排風側時，由于存在溫（濕）差的原因，蓄熱芯體就會釋放其中的熱（濕）量，當再轉到新風側時，又繼續吸收新風中的熱（濕）量。
在冬季，蓄熱芯體轉到排風側時吸收排風中的熱（濕）量，當轉到新風側時，由于存在溫（濕）差的原因，蓄熱芯體就會釋放其中的熱（濕）量，當再轉到排風側時，又繼續吸收排風中的熱（濕）量。
轉輪式全熱交換機如此旋轉循環，實現能量的回收。轉輪式全熱交換機利用室內排出空氣與室外引進的新鮮空氣進行顯熱與潛熱交換而回收能源，進而達到節約能源并保持通風良好的目的。在夏季可以將新風預冷除濕，在冬季可以將新風預熱加濕，其回收效率可達75%以上，因此降低了凈化空調運行中的冷熱負荷和耗電量。
（2）轉輪式顯熱交換機。轉輪式顯熱交換機的結構和工作過程與轉輪式全熱交換機相同，但是在蓄熱芯體表面不涂覆吸濕涂層，所以只能傳遞顯熱量。
（3）全熱交換器。全熱交換器的核心由纖維制成的全熱交換紙張與金屬箔構成，這種材料透濕率高，氣密性好，抗斷裂，耐老化，適合于溫差小、濕差大的情況。通過折疊紙張，形成新風和排風管道。由于紙張透濕和傳熱，實現了新風與排風的熱濕交換，減少了空調機組的熱濕負荷。
（4）顯熱交換器。顯熱交換器的空氣通道用金屬板隔成，其它與全熱交換器差不多。新風和排風之間只能通過金屬板進行熱交換，不能進行濕交換，適合于對濕度要求不高或濕差較小的情況。
需要注意的是，凈化空調系統中的過濾器具有較大的阻力，所以，無論全熱交換器還是顯熱交換器，所配新風側風機的壓頭都在1000Pa以上。